L'iPhone 4S è disponibile solo da pochi giorni ma come ogni dispositivo riscontra subito dei piccoli problemi. Le principali problematiche che i tantissimi utenti hanno trovato sono elencate di seguito:

• Il problema che è stato più riscontrato è sicuramente quello dell'incompatibilità con l'account di MobileMe in iCloud, che ha dato parecchi problemi agli utenti a causa della data che in qualche modo non andava ad aggiornarsi con la nuova app.
• L'applicazione Siri, che permette di avere risposte tramite comando vocale, sembra avere dei problemi con la connessione di rete.
• Utenti Verizon segnalano rallentamenti, sbalzi e in qualche caso impossibilità di utilizzo di connessione 4G.
• Non completa compatibilità tra le applicazione e l'iOS 5.
• Altri utenti segnalano qualche difetto con i colori che andranno presto sistemati.