Le eMule Mods sono le versioni "modificate" di eMule. In queste versioni ci sono cambiamenti di grafica, incrementi di velocità e altri piccoli dettagli. Questo è possibile dato che il software è rilasciato sotto una licenza Open Source, quindi modificabile a piacimento.
Di Mod ne esistono tantissime e ognuno di noi può scegliere quella che preferisce poichè non ne esiste una "più potente" delle altre, dato che l'originale dovrebbe essere la migliore.

Ecco una lista delle 27 più belle:

• Xtreme (download)
• eMule Plus (download)
• Adunanza (download)
• AcKroNiC (download)
• MorphXT (download)
• NeoMule (download
• Mephisto (download)
• IoNiX (download)
• StulleMule (download)
• Sivka (download)
• X-Ray (download)
• SharkX (download)
• Magic Angel (download)
• NetF WARP (download)
• TK4 (download)
• Spike2 (download)
• VipeR (download)
• BastarD (download)
• [NextEMF](download)
• Max (download)
• EastShare (download)
• Diclonius (download)
• Silversurfer (download)
• WebCache (download)
• MostWanted (download)
• sion (download)
• beba (download)